Die Militärakademie betreibt eine Vielzahl an Kooperationen.
Partnerschaften im Sinne des Partnerschaftserlasses des Bundesministeriums für Landesverteidigung bestehen mit
- IBM Österreich
- DB Schenker & Co AG
- Porsche Inter-Auto Wiener Neustadt
Eine seit der Gründung der Militärakademie bestehende Partnerschaft ist die mit der Statutarstadt Wiener Neustadt.
Mit der Fachhochschule Wiener Neustadt, den Landeskliniken Wiener Neustadt sowie der HTL Wiener Neustadt bestehen Kooperationen zum Zwecke der Verbesserung in den Bereichen Lehre, Forschung und Weiterbildung.
International ist die Militärakademie bzw. der Fachhochschul-Bachelorstudiengang Militärische Führung eng verknüpft mit anderen Offiziersausbildungsstätten aber auch zivilen Universitäten und Hochschulen.